W 1528 roku zakupił on znajdującą się tu wieś, zwaną wówczas Wolą Chełmską, rozciągającą się wzdłuż drogi prowadzącej przez Przełęcz Przegorzalską – naturalne obniżenie grzbietu wzgórza Sikornik, rozdzielającego doliny Wisły i Rudawy. Oprócz wyjątkowo dobrze zachowanej formy architektonicznej zabytek ten jest także pomnikiem bogatej historii.
W najstarszej fazie budowy willa na Woli Justowskiej miała rzut zbliżony do kwadratu i układ wewnętrzny trójosiowy, z sienią przelotową w osi środkowej, pełniąca rolę „sali wielkiej”. Zachowana do dziś postać willi pochodzi z XVII w.; w trakcie przebudowy wykorzystano rdzeń budowli z XVI w., nadbudowując drugie piętro oraz wzbogacając budynek o fasadę ukształtowaną jako trójkondygnacjową, pięcioprzęsłową loggię arkadową, rozpiętą między dwoma narożnymi wieżyczkami alkierzowymi. Korpus willi nakrywa wysoki dach kalenicowy.
Do zabytkowego zespołu pałacowo-parkowego poza budynkiem Willi należą również dwie oficyny: Dom Łaskiego i Dom Erazma. Wiosną 1998 roku, po gruntownej rewaloryzacji otwarto XVII-wieczną oficynę, którą na cześć jednego z przyjaciół Justusa Decjusza – Jana Łaskiego młodszego, zwolennika Reformacji – nazwano Domem Łaskiego. Znajduje się w niej osiem komfortowo urządzonych pokoi, które służą stypendystom programów rezydenckich realizowanych w Willi Decjusza. Druga oficyna to wybudowany w roku 2000 ze środków Fundacji Współpracy Polsko-Niemieckiej i Miasta Krakowa, Dom Erazma (od imienia innego przyjaciela Justusa Decjusza – Erazma z Rotterdamu), który obecnie jest siedzibą Małopolskiego Instytutu Kultury.
Kompleks budynków otoczony jest jednym z najstarszych w Krakowie parków – Parkiem Decjusza. Od momentu swojego powstania Willi Decjusza otoczona była terenami zielonymi. Ogrody aranżowano wedle panujących w każdej z epok trendów, a więc m.in. jako ogród gotycki, park romantyczny czy park angielski. W czasie II Wojny Światowej park mocno ucierpiał – zachowały się głównie lipy i graby.
W Parku Decjusza obecnie znajduje się również autorska galeria rzeźby prof. Bronisława Chromego, autora m.in. figury Smoka Wawelskiego czy pomnika Lotników Polskich w Krakowie. Do budowy galerii wykorzystano istniejącą już konstrukcję starej muszli koncertowej, powstałej w latach 60., a od lat 80. niebędącej już w użyciu. W Parku Decjusza znajdziemy wiele prac artysty, rozmieszczonych na wolnym powietrzu w pobliżu galerii, m.in. Owce przeniesione sprzed Uniwersytetu Rolniczego, pomnik Piwnicy pod Baranami czy pomnik Fryderyka Chopina, nawiązujący do kolekcji pamiątek po pianiście, gromadzonych przez Marcelinę Czartoryską – właścicielkę Willi Decjusza w drugiej połowie XIX wieku – a obecnie przechowywanych w Muzeum Czartoryskich. W ciągu ostatnich lat Gmina Miejska Kraków rozpoczęła proces rewitalizacji parku, otwierając w 2019 roku Smoczy Skwer – plac zabaw, którego gospodarzem jest roślinożerny smok Decjusz.
