Gdy po sześciu latach prac konserwatorskich, ukończonych dzięki staraniom wielu osób i organizacji, a także dzięki znacznym nakładom finansowym ze strony miasta, Willa z powrotem otwarła się dla mieszkańców Krakowa, postanowiono nawiązać do tej inspirującej tradycji. Zdecydowano, że Willa dalej będzie służyć lepszemu poznaniu, porozumieniu i współdziałaniu przedstawicieli różnych narodów i kultur. W tym właśnie celu w 1995 roku powstało Stowarzyszenie Willa Decjusza.
Propozycję uczynienia z Willi Decjusza siedziby instytucji dedykowanej ludziom nauki, artystom i tłumaczom po raz pierwszy przedstawił Karl Dedecius podczas Sympozjum KBWE 30 maja 1991 roku w Krakowie. Idea ta została rozwinięta i wprowadzona w życie pod patronatem Gminy Miasta Krakowa oraz Międzynarodowego Centrum Kultury w Krakowie. Kolejne Uchwały dotyczące Willi, której prawnym właścicielem jest miasto Kraków, określiły dokładniej funkcje kulturalne i naukowe Willi: uchwała z 12 czerwca 1992 roku (Rada Miasta), z 14 czerwca 1993 roku (Zarząd Miasta) oraz z 27 czerwca 1993 roku (Międzynarodowy Komitet Akademii Europejskiej), a także 30 czerwca 1992 roku Porozumienie między Ministrem Kultury i Sztuki RP a Prezydentem Miasta Krakowa.
U podstaw działań Stowarzyszenia Willa Decjusza leży koncepcja międzynarodowej akademii – miejsca spotkań i współpracy ludzi nauki i twórców kultury. Stowarzyszenie współpracuje z instytucjami w kraju i za granicą, które dążą do ochrony dziedzictwa kultur narodowych i regionalnych, inicjują dialog międzykulturowy i propagują wartości kluczowe dla integracji międzynarodowej.
